DSA Faculty
API
← к списку преподавателей

Князев Евгений Николаевич

Факультет биологии и биотехнологии

Профиль на hse.ru ↗ тел.: 15093
Публикаций
0
Языков
1
Наград
7
Конференций
9
Профиль Публикации (33) Курсы (11)

Профессиональные интересы

биохимияонкологиямодель кишечника человека in vitroбиоинформатикаперсонифицированная медицинабиология ракаклеточная биологиятрехмерные клеточные моделимикрофлюидикамикрофизиологические системымолекулярная биологияплацентарный барьер

Должности

  • Доцент — Факультет биологии и биотехнологии, Базовая кафедра Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
  • Заведующий лабораторией — Факультет биологии и биотехнологии, Лаборатория молекулярной физиологии

Био

  • · Начал работать в НИУ ВШЭ в 2019 году.
  • · Научно-педагогический стаж: 14 лет.

Образование

  • 2016 · Кандидат медицинских наук: специальность Онкология, тема диссертации: МикроРНК-маркеры для малоинвазивной диагностики рака предстательной железы
  • 2013 · Специалитет: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, факультет: Факультет фундаментальной медицины, специальность «Лечебное дело», квалификация «Врач»

Опыт работы

  • · 2019 — по настоящее время: Декабрь : факультет биологии и биотехнологии, Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», доцент, заведующий лабораторией молекулярной физиологии
  • · 2019 — по настоящее время: Май : лаборатория микрофлюидных технологий для биомедицины, ФГБУН Государственный Научный Центр Российской Федерации Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, старший научный сотрудник
  • · 2013: Февраль сентябрь
  • · 2023: : ООО «Центр трансляционных технологий» (ООО Лаборатория «БиоКлиникум»), генеральный директор
  • · 2022: Ноябрь июнь
  • · 2023: : факультет Биомедицинская техника, Московский государственный технический университет им. Н.Э. Баумана, доцент
  • · 2021: Август февраль
  • · 2022: : Городская клиническая больница №15 им О.М. Филатова, врач клинической лабораторной диагностики
  • · 2019: Февраль август
  • · 2019: : Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Министерства здравоохранения Российской Федерации, старший научный сотрудник
  • · 2013: Сентябрь июнь
  • · 2015: : Государственный научный центр Российской Федерации — Институт медико-биологических проблем РАН, научный сотрудник
  • · 2012: Февраль январь
  • · 2013: : ООО НТЦ «Клеточные Технологии», лаборант-исследователь

Награды и поощрения

  • · Благодарность первого проректора НИУ ВШЭ (март 2023)
  • · Надбавка за академические успехи и вклад в научную репутацию НИУ ВШЭ (2024–2026)
  • · Надбавка за публикацию в журнале из Списка А (и приравненном к нему научном издании) (2025–2026, 2023–2024)
  • · Надбавка за публикацию в международном рецензируемом научном издании (2022–2023, 2021–2022)
  • · Лучший преподаватель — 2024
  • · Победитель Конкурса лучших русскоязычных научных и научно-популярных работ работников НИУ ВШЭ – 2023
  • · Группа высокого профессионального потенциала (кадровый резерв НИУ ВШЭ)Категория "Новые преподаватели" (2024–2025)

Гранты и проекты

  • — · на соискание учёной степени кандидата наук

Конференции (9)

Показать все
  • · 2024: Седьмой онлайн-семинар по математическому моделированию в области иммунологии (Москва). Доклад: Моделирование динамики SARS-CoV-2 в клеточных линиях
  • · 2024: Второй Саммит разработчиков лекарственных препаратов «Сириус.Биотех» (Федеральная территория «Сириус»). Доклад: Использование платформы «Человек-на-чипе» при разработке лекарственных препаратов
  • · 2024: IV Конгресс молодых учёных. Доклад: Использование платформы Homunculus для моделирования органов-на-чипе
  • · 2019: International Federation of Placenta Associations 2019 (IFPA2019); 8th Latin American Symposium on Maternal-Fetal Interaction and Placenta (VIII SLIMP), Buenos Aires, Argentina (Buenos Aires). Доклад: Placenta-on-a-chip model for assessing the transport and toxicity of xenobiotics in vitro
  • · 2019: International Federation of Placenta Associations 2019 (IFPA2019); 8th Latin American Symposium on Maternal-Fetal Interaction and Placenta (VIII SLIMP), Buenos Aires, Argentina (Buenos Aires). Доклад: Application of impedance spectroscopy for analysis of BeWo clone b30 human choriocarcinoma cell line
  • · 2019: CTR Annual Conference 2019 (Cambridge). Доклад: Placenta-on-a-chip model for the assessment of drug transport and toxicity
  • · 2019: 22st European Congress on Alternatives to Animal Testing, 19th Annual Congress of EUSAAT, Linz, Austria (Linz). Доклад: Placenta-on-a-chip model for assessing the transport and toxicity of xenobiotics in vitro
  • · 2019: Второй международный форум онкологии и радиологии (Москва). Доклад: Модель плаценты-на-чипе in vitro для оценки транспорта и токсичности химиотерапевтических препаратов
  • · 2019: V Всероссийская Конференция по молекулярной онкологии (Москва). Доклад: Модель плаценты-на-чипе in vitro для оценки транспорта и токсичности химиотерапевтических препаратов

Идентификаторы исследователя

Публикации (33)

scRNA-seq of preeclamptic trophoblasts identifies EBI3, COL17A1, miR-27a-5p, and miR-193b-5p as hypoxia markers: validation of neuradapt as a superior mimetic to cobalt chloride

2026 · ARTICLE · en

Background. Preeclampsia (PE) complicates 2–8% of pregnancies and involves placental hypoxia and HIF-pathway activation, especially in early-onset PE (eoPE). Chemical mimetics like cobalt(II) chloride (CoCl2) and oxyquinoline derivatives model trophoblast hypoxia in vitro, yet their fidelity in recapitulating PE gene profiles remains unclear. Integrating patient tissue analyses with experimental models may reveal common markers and validate physiologically relevant paradigms. Methods. We analyzed scRNA-seq data from 10 eoPE, 7 late-onset PE, and matched control placentas, identifying villous cytotrophoblast, syncytiotrophoblast, and extravillous trophoblast (EVT). BeWo b30 cells were treated for 24 h with CoCl2 (300 µM) or the oxyquinoline derivative neuradapt (5 µM) to induce hypoxia. RNA-seq with qPCR validation and small RNA-seq quantified mRNA and microRNA changes; PROGENy inferred pathway activities. Results. scRNA-seq revealed highest hypoxia activation in eoPE, with EVT showing maximum activity. Nine genes were upregulated across all trophoblast types (EBI3, CST6, FN1, RFK, COL17A1, LDHA, PKP2, RPS4Y1, RPS26). In vitro, neuradapt induced more specific hypoxia responses than CoCl2 (1,284 vs. 3,032 differentially expressed genes). Critically, EBI3, FN1, and COL17A1 showed concordant upregulation in tissue and neuradapt-treated cells, whereas CoCl2 produced opposite patterns. MicroRNAs hsa-miR-27a-5p and hsa-miR-193b-5p were consistently elevated in both models; 3'-isoforms of hsa-miR-9-5p and hsa-miR-92b-3p were identified as hypoxia-associated. Conclusions. EBI3, COL17A1, miR-27a-5p, and miR-193b-5p emerge as trophoblast hypoxia markers. Neuradapt (a selective HIF-prolyl hydroxylase inhibitor) provides a more physiologically relevant in vitro model than CoCl2, recapitulating transcriptomic signatures observed in PE placentas. This integrated approach advances understanding of PE pathophysiology and therapeutic targeting.

DOI ↗ PDF ↗

Начальные методы клеточной биологии

2026 · BOOK · ru

Учебно-методическое пособие по проведению практических занятий в рамках дисциплины "Клеточная биология: основы биопроцессов" знакомит с основными понятиями и определениями, необходимыми для работы с клеточными культурами. Практическая часть посвящена проведению лабораторных работ и содержит информацию о материалах, оборудовании и методах работы с клеточными культурами, в том числе в стерильных условиях. Издание предназначено для студентов и преподавателей факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ, а также профильных факультетов других вузов.Об авторах О книге на iq-media.ru

DOI ↗ PDF ↗

Placenta-on-a-Chip Microfluidic Model: Optimization of Perfusion Conditions

2025 · ARTICLE · en

The design and development of a placenta-on-a-chip model is of great importance for various fields of cell biology, especially in studies of the molecular mechanisms of disease pathogenesis and the action of potential drugs. Currently, milling technique is most commonly used to fabricate microfluidic devices from thermoplastics. However, this technology leads to the formation of undesirable surface roughness, which promotes the formation of air bubbles and reduces the optical transparency of the polymer. In this regard, the problem of improving the technology of chip manufacturing and operation seems to be very important. We have analyzed various methods of surface modification of polycarbonate and further optimizing the circuit. It was shown that vapor polishing treatment with JINHF solution (JINHF, China) effectively removed roughness from the surface of the polycarbonate chip. The selected surface treatment method significantly reduced the roughness of the internal channels, which facilitated the filling of the chip without forming areas with stubborn air bubbles. During the optimization process, two “passive” methods for eliminating bubbles from the microfluidic system were explored, namely vertical positioning of the chip and creating air bubble traps inside the chip. These methods were compared with the “active” bubble removal by connecting an Elveflow trap (Elveflow Elvesys, France) with a vacuum pump to the chip. The method of vertical positioning of the organ-on-a-chip during cultivation proved to be more effective in removing air bubbles than built-in and external traps. The developed variant of the microfluidic device with the contour configuration that showed the best result was tested on the process of long-term cultivation of BeWo b30 and EA.hy926 cells as models of placenta-on-chip in dynamics.

DOI ↗ PDF ↗

Comparative Analysis of Lipid Metabolism in Trophoblast Subpopulations in Preeclampsia and In Vitro Hypoxia Model

2025 · ARTICLE · en

Preeclampsia is a leading cause of maternal and perinatal morbidity associated with systemic lipid metabolism disturbances, yet the underlying molecular mechanisms remain incompletely understood. In this study, we integrated single-cell RNA-seq data from preeclamptic placentas with an in vitro hypoxia model to analyze gene expression changes across distinct trophoblast subpopulations. While all trophoblast lineages exhibited hypoxia-driven metabolic reprogramming, the response was highly cell-type specific. In the syncytiotrophoblast (SCT), the primary maternal-fetal barrier, preeclampsia was associated with a significant downregulation of LDLR and cholesterol biosynthesis genes (OR = 4.991, p = 6.30e−04). Concurrently, we observed increased expression of genes governing transcytosis (SCARB1, CAV1). In contrast, the extravillous trophoblast (EVT) displayed a divergent adaptive response, characterized by elevated LDLR expression and downregulated cholesterol biosynthesis. In vitro hypoxia modeling in BeWo b30 cells recapitulated the SCT-specific phenotype and identified a potential regulatory mechanism: a fivefold increase in PCSK9 expression (padj = 3.53e−10) and a 1.5-fold decrease in SNX17 (padj = 1.76e−04)—key regulators that limit lipoprotein receptor recycling. This was accompanied by the suppression of lipid biosynthesis genes and the transcriptional activation of pathways associated with transcytosis and cholesterol efflux. Collectively, these results confirm the pivotal role of hypoxic stress in disrupting placental lipid metabolism and reveal a subpopulation-specific transcriptional program in preeclampsia—a shift from endocytosis to transcytosis—that likely serves as a compensatory mechanism to ensure fetal lipid supply under conditions of limited availability.

DOI ↗ PDF ↗

Optimization of Gas Permeability in PDMS Microfluidic Chips for Organ-on-Chip Modeling

2025 · ARTICLE · en

Polydimethylsiloxane (PDMS) remains one of the most popular materials for microfluidic chips, but its high gas permeability can lead to the formation of gas bubbles in microchannels, which hampers the reproducibility of experiments in organ-on-a-chip systems. The dependence of the gas permeability of PDMS on the ratio of base to hardener (2.5 : 1, 5 : 1, and 10 : 1) and polymerization temperature (25, 75, and 125°C) was investigated. According to the results obtained, the 5 : 1 ratio at 125°C provides an optimal combination of low gas permeability, fast polymerization, and economical consumption of components. Cytotoxicity testing on BeWo b30 and EA.hy926 cell lines, representing the trophoblast and endothelium in a placenta-on-a-chip model, demonstrated the absence of cytotoxic effects using different ratios of PDMS components, which confirms its safety for cellular experiments.

DOI ↗ PDF ↗

Modeling Preeclampsia: From 2D Cultures to Placenta-on-a-Chip Technologies

2025 · ARTICLE · en

Preeclampsia is a complex pregnancy disorder marked by hypertension and proteinuria, often resulting in significant maternal and fetal morbidity and mortality. Understanding its pathogenesis is crucial for developing effective diagnostic and therapeutic strategies. Given the placenta’s central role in preeclampsia, it remains a focal point for research. This review offers a comprehensive overview of current preeclampsia modeling studies. It starts with an introduction to preeclampsia, emphasizing its impact on maternal and fetal health. The review then discusses placental development and structure, including comparisons between human and animal model placentas, to establish a foundation for understanding placental involvement in preeclampsia. The pathogenesis of preeclampsia is explored, highlighting key molecular and cellular mechanisms. Various cell models, including 2D and 3D static cultures and placenta-on-a-chip models, are reviewed to elucidate their contributions to studying preeclampsia pathophysiology and their potential applications in drug discovery and personalized medicine. This review aims to consolidate existing knowledge and stimulate further research into the etiology and management of preeclampsia.

DOI ↗ PDF ↗

Mathematical model explains differences in Omicron and Delta SARS-CoV-2 dynamics in Caco-2 and Calu-3 cells

2024 · ARTICLE · en

Within-host infection dynamics of Omicron dramatically differs from previous variants of SARS-CoV-2. However, little is still known about which parameters of virus-cell interplay contribute to the observed attenuated replication and pathogenicity of Omicron. Mathematical models, often expressed as systems of differential equations, are frequently employed to study the infection dynamics of various viruses. Adopting such models for results of in vitro experiments can be beneficial in a number of aspects, such as model simplification (e.g., the absence of adaptive immune response and innate immunity cells), better measurement accuracy, and the possibility to measure additional data types in comparison with in vivo case. In this study, we consider a refinement of our previously developed and validated model based on a system of integro-differential equations. We fit the model to the experimental data of Omicron and Delta infections in Caco-2 (human intestinal epithelium model) and Calu-3 (lung epithelium model) cell lines. The data include known information on initial conditions, infectious virus titers, and intracellular viral RNA measurements at several time points post-infection. The model accurately explains the experimental data for both variants in both cell lines using only three variant- and cell-line-specific parameters. Namely, the cell entry rate is significantly lower for Omicron, and Omicron triggers a stronger cytokine production rate (i.e., innate immune response) in infected cells, ultimately making uninfected cells resistant to the virus. Notably, differences in only a single parameter (e.g., cell entry rate) are insufficient to obtain a reliable model fit for the experimental data.

DOI ↗ PDF ↗

Оценка уровня miR-21-5p, miR-451a и miR-144-3p в моче при дифференциальной диагностике локализованного рака предстательной железы

2024 · ARTICLE · ru

Введение. Ограниченные чувствительность и специфичность имеющихся методов диагностики рака предстательной железы (РПЖ) являются определяющими факторами для поиска новых маркеров. В ряде работ продемонстрирована потенциальная возможность определения экспрессии некоторых микроРНК в моче. Цель исследования – оценка диагностического потенциала определения экспрессии микроРНК в моче при РПЖ. Материалы и методы. Проанализирована коллекция из осадка образцов мочи 19 пациентов с доброкачественной гиперплазией предстательной железы и 44 больных РПЖ. РНК выделяли с использованием набора miRNEasy Serum/ Plasma Kit. Выделенную из каждого образца РНК (16 мкл) конвертировали в комплементарную ДНК, которая служила матрицей в полимеразной цепной реакции в реальном времени. Для секвенирования библиотеки микроРНК были подготовлены с использованием MGIEasy Small RNA Library Prep Kit v.2.0. Сформированные наношарики ДНК помещали в секвенатор MGI DNBSEQ-G400. Результаты секвенирования обрабатывали с помощью IsoMiRmap. Различия в представленности микроРНК анализировали с помощью DESeq2. Для микроРНК-21 данные высокопроизводительного секвенирования были подтверждены результатами количественной полимеразной цепной реакции в реальном времени. Результаты. Выявлено 1154 вида микроРНК, 11 из которых дифференциально представлены во всех группах сравнения. Наиболее значимые различия в клеточном осадке у пациентов с доброкачественной гиперплазией предстательной железы и РПЖ были зафиксированы для miR-451a (площадь под кривой (AUC) 0,98). В группах сравнения значимо различался уровень представленности 2 изоформ микроРНК: hsa-miR-144-3p|-1 (AUC 0,96) и hsa-miR-21-5p|+4 (AUC 0,68). Заключение. Результаты дополняют доказательства того, что измененная экспрессия микроРНК miR-21, miR-451a и miR-144-3p связана с РПЖ, выявляется в образцах мочи, а также может быть потенциальным неинвазивным диагностическим критерием данного заболевания.

DOI ↗ PDF ↗

Оптимизация условий перфузии в микрофлюидной модели плаценты-на-чипе

2024 · ARTICLE · ru

Разработка и создание модели плаценты-на-чипе востребовано в разных областях клеточной биологии, особенно в исследованиях молекулярных механизмов патогенеза болезней и действия потенциальных лекарственных средств. В настоящее время для изготовления микрофлюидных устройств из термопластов чаще всего используют метод фрезерования. Однако эта технология приводит к формированию нежелательной шероховатости поверхности, способствующей образованию воздушных пузырей и снижающей оптическую прозрачность полимера. В связи с этим назрела необходимость в усовершенствовании технологии изготовления чипов и их эксплуатации. Нами проанализированы различные способы модификации поверхности поликарбонатного чипа и дальнейшей оптимизации контура. Показано, что эффективно удаляет шероховатости с поверхности поликарбонатного чипа паровая обработка препаратом JINHF (JINHF, Китай). Подобранный метод для обработки поверхности значительно уменьшает шероховатость внутренних каналов, что способствует заполнению чипа без образования областей с трудноудаляемыми пузырями воздуха. В процессе оптимизации были изучены два “пассивных” метода по устранению пузырей из микрофлюидной системы: вертикальное позиционирование чипа и создание ловушки для пузырей в конструкции чипа. Проведено сравнение этих способов с “активным” методом удаления пузырей ‒ путем подключения ловушки Elveflow (Elveflow Elvesys, Франция) с вакуумным насосом к чипу. Метод вертикального позиционирования органа-на-чипе во время культивирования оказался более эффективным для удаления пузырей воздуха, чем встроенная и внешняя ловушки. Разработанный вариант микрофлюидного устройства при конфигурации контура, показавшего наилучший результат, апробирован на процессе длительного культивирования клеток BeWo b30 и EA.hy926 как моделей плаценты-на-чипе в динамике.

DOI ↗ PDF ↗

Оптимизация газопроницаемости микрофлюидных чипов из ПДМС для моделирования органов-на-чипе

2024 · ARTICLE · ru

Полидиметилсилоксан (ПДМС) остается одним из наиболее востребованных материалов для создания микрофлюидных чипов, однако его высокая газопроницаемость может приводить к образованию пузырьков газа в микроканалах, что затрудняет воспроизводимость экспериментов с органами-на-чипе. Исследована зависимость газопроницаемости ПДМС от соотношения основы и отвердителя (2.5 : 1, 5 : 1 и 10 : 1) и температуры полимеризации (25, 75 и 125°C). Согласно полученным результатам соотношение 5 : 1 при температуре 125°C обеспечивает оптимальное сочетание низкой газопроницаемости, быстрой полимеризации и экономичного расхода компонентов. Тестирование цитотоксичности на клеточных линиях BeWo b30 и EA.hy926, имитирующих трофобласт и эндотелий в модели плаценты-на-чипе, продемонстрировало отсутствие цитотоксических эффектов при использовании различных соотношений компонентов ПДМС, что подтверждает его безопасность для клеточных экспериментов.

DOI ↗ PDF ↗

Курсы (11)