DSA Faculty
API
← к списку преподавателей

Шкурников Максим Юрьевич

Факультет биологии и биотехнологии

Профиль на hse.ru ↗ тел.: + 7 (495) 772-95-90 | 15261
Публикаций
38
Языков
1
Наград
8
Конференций
0
Профиль Публикации (38) Курсы (4)

Профессиональные интересы

молекулярная биологиябиохимиябиоинформатика

Должности

  • Заведующий лабораторией — Факультет биологии и биотехнологии, Лаборатория исследований молекулярных механизмов долголетия
  • Ведущий научный сотрудник — Факультет биологии и биотехнологии, Лаборатория исследований молекулярных механизмов долголетия
  • Профессор — Факультет биологии и биотехнологии, Базовая кафедра Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Био

  • · Начал работать в НИУ ВШЭ в 2020 году.
  • · Научно-педагогический стаж: 5 лет.

Образование

  • 2024 · Доктор медицинских наук
  • 2009 · Кандидат медицинских наук
  • 2004 · Специалитет: Российский государственный медицинский университет Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию, специальность «Медицинская кибернетика», квалификация «Врач-кибернетик»

Опыт работы

  • · 2004: Август ‒ июнь
  • · 2006: : научный сотрудник, лаборатория ксенотрансплантации, Институт трансплантологии и искусственных органов
  • · 2006: Июль ‒ февраль
  • · 2011: : старший научный сотрудник, лаборатории молекулярной физиологии, Российский научно-исследовательский институт спорта и физического воспитания
  • · 2011: Февраль ‒ Январь
  • · 2014: : ведущий научный сотрудник, лаборатория молекулярной физиологии, Институт общей патологии и патофизиологии РАМН
  • · 2014: Февраль ‒ декабрь
  • · 2017: : старший научный сотрудник, отдел трансляционной онкологии, Московский научно-исследовательский онкологический институт имени П. А. Герцена – филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России
  • · 2018: Январь ‒ ноябрь
  • · 2020: : начальник отдела трансляционной онкологии, Московский научно-исследовательский онкологический институт имени П.А. Герцена – филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России
  • · 2020: Декабрь ‒ настоящее время: Факультет биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ

Награды и поощрения

  • · Благодарность Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (декабрь 2024)
  • · Благодарность проректора НИУ ВШЭ (ноябрь 2024)
  • · Благодарность Факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ (февраль 2023)
  • · Надбавка за публикации, вносящие особый вклад в международную научную репутацию НИУ ВШЭ (2022–2025)
  • · Надбавка за публикацию в международном рецензируемом научном издании (2021–2022)
  • · Надбавка за регулярные публикации в международных рецензируемых научных изданиях (2025–2030)
  • · Победитель Конкурса лучших русскоязычных научных и научно-популярных работ работников НИУ ВШЭ – 2024, 2022
  • · Лучший академический руководитель в номинации «Прием иностранных студентов» — 2024

Гранты и проекты

  • — · на соискание учёной степени кандидата наук

Идентификаторы исследователя

Публикации (38)

Взаимосвязь генотипа главного комплекса гистосовместимости класса I с летальностью COVID-19 у пациентов с сахарным диабетом

2022 · ARTICLE · ru

В многочисленных исследованиях было показано, что сахарный диабет (СД) повышает риск леталь- ного исхода COVID-19 в пять раз. Принято считать, что высокая летальность COVID-19 на фоне СД обусловлена основными осложнениями данного заболевания: микро- и макроангиопатиями, сер- дечной и почечной недостаточностью. Кроме того, показано, что острая респираторная вирусная инфекция увеличивает выработку интерферона гамма и повышает резистентность мышц к инсули- ну, модулирует активность эффекторных CD8+ Т-лимфоцитов. Способность CD8+ Т-лимфоцитов распознавать зараженные SARS-CoV-2 клетки зависит не только от гуморальных факторов, но и от индивидуальных генетических особенностей, в том числе индивидуального набора молекул главно- го комплекса гистосовместимости класса I (ГКГС-I). В данном исследовании на выборке из 222 па- циентов была изучена взаимосвязь генотипа ГКГС-I пациентов с СД в возрасте не старше 60 лет с исходом COVID-19. Показано, что летальные исходы COVID-19 у пациентов с СД связаны с низкой аффинностью взаимодействия индивидуального набора молекул ГКГС-I с пептидами SARS-CoV-2.

DOI ↗ PDF ↗

ВЗАИМОСВЯЗЬ ПРОГНОЗА ТЕЧЕНИЯ COVID-19 С МУТАЦИЯМИ БЕЛКА NS8 SARS-COV-2 В ЗАВИСИМОСТИ ОТ ШТАММОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ВИРУСА

2022 · ARTICLE · ru

В середине 2021 г. штамм Дельта SARS-CoV-2 вызвал третью волну пандемии COVID-19. Огромные усилия были направлены на изучение влияния его мутаций на эффективность нейтрализующих антител. Значительно меньшее внимание было обращено на индивидуальные особенности презентации его пептидов молекулами главного комплекса гистосовместимости класса I (ГКГС-I). В данном исследовании была изучена взаимосвязь HLA-I генотипа пациентов в возрасте не старше 60 лет с тяжестью течения COVID-19, вызванной двумя наиболее распространенными летом 2021 г. вариантами штамма Дельта SARS-CoV-2: AY.122 и B.1.617.2. Анализ тяжести течения COVID-19 выявил более тяжелое течение заболевания, вызванного вариантом AY.122. Сравнение профиля мутаций двух наиболее распространенных вариантов штамма Дельта показал, что наибольший вклад в способность ГКГС-I презентировать пептиды вируса вносит мутация G8R в белке NS8. Учитывая, что белок NS8 способен подавлять созревание молекул ГКГС-I, появление мутации в одном из его иммуногенных эпитопов, могло внести весомый вклад в превалирование варианта AY.122 в российской популяции.

DOI ↗ PDF ↗

The interplay between digital and social inclusion in multiethnic Russian society: An empirical investigation

2022 · ARTICLE · en

The paper discusses the digital inclusion of major and minor ethnic groups in Russia by comparing three broad categories of digital resources, identified in this study as components of the index of inclusion: information and communications technology (ICT) access, skills, and extent of engagement with technologies. Based on these components/subindices, we constructed an index of digital inclusion for the Russian context and tested it on a representative national sample of 765 Internet users (596 Russians, 196 Yakuts). Our study showed that Russians use more platforms for online access (mobile phones, laptops, consoles, smart TV, etc.) than Yakuts and access the Internet through a bigger number of locations, not being limited to home and/or office only. They also have higher level of social, technical, and creative ICT skills, and demonstrate higher levels of digital engagement and overall digital inclusion. We argue that the explanation here lies first of all in the geographical domain, that is traditional location of ethnic minority (Yakuts) in a region that is less digitally advantaged in terms of Internet access, cost, speed, and other factors (Far Eastern federal district), and is not related to ethnicity itself. We think there fore that this study is a good illustration of how the first and the second levels of the digital divide interrelate and influence each other, leading to a situation when people with lower access to the Internet and ICTs have lower skills and competences to use them, therefore risking to become digitally and also socially excluded.

DOI ↗ PDF ↗

Мутации SARS-CoV-2 приводят к снижению числа регионов связывания с микроРНК ткани лёгких

2022 · ARTICLE · ru

РНК-интерференция у позвоночных действует как противовирусный механизм только в недифференцированных эмбриональных стволовых клетках и реализуется через микроРНК. В соматических клетках микроРНК хозяина также связываются с геномами РНК-вирусов, регулируя их трансляцию и репликацию. (+)РНК вирусы способны эволюционировать под влиянием микроРНК клетки-хозяина. Более чем за 2 года пандемии вирус SARS-CoV-2 значительно мутировал. Не исключено, что часть мутаций могла закрепляться в геноме вируса под влиянием микроРНК альвеоцитов. Нами установлено, что микроРНК ткани лёгких человека оказывают эволюционное давление на геном SARS-CoV-2. Причём значительное число мест связывания микроРНК клетки-хозяина с геномом вируса приходится на регион NSP3-NSP5, ответственный за аутопротеолиз вирусных полипептидов.

DOI ↗

Extracellular miRNAs and cell-cell communication: problems and prospects

2021 · ARTICLE · en

MicroRNAs (miRNAs) are short RNA molecules regulating multiple cellular processes through posttranscriptional gene silencing. Over the last decade, miRNA have been found in extracellular space and have been consistently shown to mediate functional communication between cells. While it remains widely accepted that miRNA transfer between cells occurs via extracellular vesicles (EVs), multiple other carriers of cell-free miRNA have been described. In addition, some studies have demonstrated that both miRNA and their binding partners, Argonaute proteins, remain hardly detectable in common isolates of EVs. In this work, we summarize the state-of-the-art mechanisms of miRNA sorting and secretion, discuss methodological challenges associated with extracellular miRNA research, and suggest experimental steps to resolve current inconsistencies in the field of miRNA-mediated cell-cell communication.

DOI ↗ PDF ↗

Association of HLA Class I Genotypes With Severity of Coronavirus Disease-19

2021 · ARTICLE · en

Human leukocyte antigen (HLA) class I molecules play a crucial role in the development of a specific immune response to viral infections by presenting viral peptides at the cell surface where they will be further recognized by T cells. In the present manuscript, we explored whether HLA class I genotypes can be associated with the critical course of Coronavirus Disease-19 by searching possible connections between genotypes of deceased patients and their age at death. HLA-A, HLA-B, and HLA-C genotypes of n = 111 deceased patients with COVID-19 (Moscow, Russia) and n = 428 volunteers were identified with next-generation sequencing. Deceased patients were split into two groups according to age at the time of death: n = 26 adult patients aged below 60 and n = 85 elderly patients over 60. With the use of HLA class I genotypes, we developed a risk score (RS) which was associated with the ability to present severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) peptides by the HLA class I molecule set of an individual. The resulting RS was significantly higher in the group of deceased adults compared to elderly adults [p = 0.00348, area under the receiver operating characteristic curve (AUC ROC = 0.68)]. In particular, presence of HLA-A*01:01 allele was associated with high risk, while HLA-A*02:01 and HLA-A*03:01 mainly contributed to low risk. The analysis of patients with homozygosity strongly highlighted these results: homozygosity by HLA-A*01:01 accompanied early deaths, while only one HLA-A*02:01 homozygote died before 60 years of age. Application of the constructed RS model to an independent Spanish patients cohort (n = 45) revealed that the score was also associated with the severity of the disease. The obtained results suggest the important role of HLA class I peptide presentation in the development of a specific immune response to COVID-19.

DOI ↗ PDF ↗

miRGTF-net: Integrative miRNA-gene-TF network analysis reveals key drivers of breast cancer recurrence

2021 · ARTICLE · en

Analysis of regulatory networks is a powerful framework for identification and quantification of intracellular interactions. We introduce miRGTF-net, a novel tool for construction of miRNA-gene-TF networks. We consider multiple transcriptional and post-transcriptional interaction types, including regulation of gene and miRNA expression by transcription factors, gene silencing by miRNAs, and co-expression of host genes with their intronic miRNAs. The underlying algorithm uses information on experimentally validated interactions as well as integrative miRNA/mRNA expression profiles in a given set of samples. The latter ensures simultaneous tissue-specificity and biological validity of interactions. We applied miRGTF-net to paired miRNA/mRNA-sequencing data of breast cancer samples from The Cancer Genome Atlas (TCGA). Together with topological analysis of the constructed network we showed that considered players can form reliable prognostic gene signatures for ER-positive breast cancer. A number of signatures demonstrated remarkably high accuracy on transcriptomic data obtained by both microarrays and RNA sequencing from several independent patient cohorts. Furthermore, an essential part of prognostic genes were identified as direct targets of transcription factor E2F1. The putative interplay between estrogen receptor alpha and E2F1 was suggested as a potential recurrence factor in patients treated with tamoxifen. Source codes of miRGTF-net are available at GitHub (https://github.com/s-a-nersisyan/miRGTF-net).

DOI ↗ PDF ↗

HIF-Dependent NFATC1 Activation Upregulates ITGA5 and PLAUR in Intestinal Epithelium in Inflammatory Bowel Disease

2021 · ARTICLE · en

Intestinal epithelial cells exist in physiological hypoxia, leading to hypoxia-inducible factor (HIF) activation and supporting barrier function and cell metabolism of the intestinal epithelium. In contrast, pathological hypoxia is a common feature of some chronic disorders, including inflammatory bowel disease (IBD). This work was aimed at studying HIF-associated changes in the intestinal epithelium in IBD. In the first step, a list of genes responding to chemical activation of hypoxia was obtained in an in vitro intestinal cell model with RNA sequencing. Cobalt (II) chloride and oxyquinoline treatment of both undifferentiated and differentiated Caco-2 cells activate the HIF-signaling pathway according to gene set enrichment analysis. The core gene set responding to chemical hypoxia stimulation in the intestinal model included 115 upregulated and 69 downregulated genes. Of this set, protein product was detected for 32 genes, and fold changes in proteome and RNA sequencing significantly correlate. Analysis of publicly available RNA sequencing set of the intestinal epithelial cells of patients with IBD confirmed HIF-1 signaling pathway activation in sigmoid colon of patients with ulcerative colitis and terminal ileum of patients with Crohn’s disease. Of the core gene set from the gut hypoxia model, expression activation of ITGA5 and PLAUR genes encoding integrin α5 and urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR) was detected in IBD specimens. The interaction of these molecules can activate cell migration and regenerative processes in the epithelium. Transcription factor analysis with the previously developed miRGTF tool revealed the possible role of HIF1A and NFATC1 in the regulation of ITGA5 and PLAUR gene expression. Detected genes can serve as markers of IBD progression and intestinal hypoxia.

DOI ↗ PDF ↗

A post-processing algorithm for miRNA microarray data

2020 · ARTICLE · en

One of the main disadvantages of using DNA microarrays for miRNA expression profiling is the inability of adequate comparison of expression values across different miRNAs. This leads to a large amount of miRNAs with high scores which are actually not expressed in examined samples, i.e., false positives. We propose a post-processing algorithm which performs scoring of miRNAs in the results of microarray analysis based on expression values, time of discovery of miRNA, and correlation level between the expressions of miRNA and corresponding pre-miRNA in considered samples. The algorithm was successfully validated by the comparison of the results of its application to miRNA microarray breast tumor samples with publicly available miRNA-seq breast tumor data. Additionally, we obtained possible reasons why miRNA can appear as a false positive in microarray study using paired miRNA sequencing and array data. The use of DNA microarrays for estimating miRNA expression profile is limited by several factors. One of them consists of problems with comparing expression values of different miRNAs. In this work, we show that situation can be significantly improved if some additional information is taken into consideration in a comparison.

DOI ↗ PDF ↗

Integrative analysis of miRNA and mRNA sequencing data reveals potential regulatory mechanisms of ACE2 and TMPRSS2

2020 · ARTICLE · en

Development of novel approaches for regulating the expression of angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) and transmembrane serine protease 2 (TMPRSS2) is becoming increasingly important within the context of the ongoing COVID-19 pandemic since these enzymes play a crucial role in cell infection. In this work we searched for putative ACE2 and TMPRSS2 expression regulation networks mediated by various miRNA isoforms (isomiR) across different human organs using publicly available paired miRNA/mRNA-sequencing data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) project. As a result, we identified several miRNA families targeting ACE2 and TMPRSS2 genes in multiple tissues. In particular, we found that lysine-specific demethylase 5B (JARID1B), encoded by the KDM5B gene, can indirectly affect ACE2 / TMPRSS2 expression by repressing transcription of hsa-let-7e / hsa-mir-125a and hsa-mir-141 / hsa-miR-200 miRNA families which are targeting these genes.

DOI ↗ PDF ↗

Курсы (4)