DSA Faculty
API
← к списку преподавателей

Никулин Сергей Вячеславович

Аспирантская школа по биологии

Профиль на hse.ru ↗ тел.: 15093
Публикаций
37
Языков
1
Наград
6
Конференций
2
Профиль Публикации (37) Курсы (9)

Профессиональные интересы

модель кишечника человека in vitroонкологияперсонифицированная медицинабиоинформатикамолекулярная биологиябиология ракаклеточная биология3-х мерные клеточные моделибиохимия

Должности

  • Академический директор — Аспирантская школа по биологии
  • Доцент — Факультет биологии и биотехнологии, Базовая кафедра Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
  • Старший научный сотрудник — Факультет биологии и биотехнологии, Лаборатория исследований молекулярных механизмов долголетия
  • Ведущий научный сотрудник — Факультет биологии и биотехнологии, Международная лаборатория микрофизиологических систем

Био

  • · Начал работать в НИУ ВШЭ в 2020 году.

Образование

  • 2020 · Кандидат биологических наук: Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)
  • 2019 · Аспирантура: Московский физико-математический институт (государственный университет), специальность «Биологические науки», квалификация «Исследователь. Преподаватель-исследователь»
  • 2015 · Магистратура: Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), специальность «Прикладная математика и физика», квалификация «Магистр прикладной математики и информатики»
  • 2013 · Бакалавриат: Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), специальность «Прикладная математика и физика», квалификация «Бакалавр»

Опыт работы

  • · 2020: НИУ ВШЭ с года

Награды и поощрения

  • · Благодарность Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (декабрь 2024)
  • · Надбавка за публикации, вносящие особый вклад в международную научную репутацию НИУ ВШЭ (2024–2027)
  • · Надбавка за публикацию в журнале из Списка А (и приравненном к нему научном издании) (2023–2024)
  • · Надбавка за публикацию в международном рецензируемом научном издании (2022–2023, 2021–2022, 2020–2021)
  • · Лучший преподаватель — 2023–2025
  • · Победитель Конкурса лучших русскоязычных научных и научно-популярных работ работников НИУ ВШЭ – 2023

Гранты и проекты

  • — · на соискание учёной степени кандидата наук

Конференции (2)

Показать все
  • · 2019: International Federation of Placenta Associations 2019 (IFPA2019); 8th Latin American Symposium on Maternal-Fetal Interaction and Placenta (VIII SLIMP), Buenos Aires, Argentina (Buenos Aires). Доклад: Application of impedance spectroscopy for analysis of BeWo clone b30 human choriocarcinoma cell line
  • · 2019: 22st European Congress on Alternatives to Animal Testing, 19th Annual Congress of EUSAAT, Linz, Austria (Linz). Доклад: Placenta-on-a-chip model for assessing the transport and toxicity of xenobiotics in vitro

Идентификаторы исследователя

Публикации (37)

ELOVL5 and IGFBP6 genes modulate sensitivity of breast cancer cells to ferroptosis

2023 · ARTICLE · en

Relapse of breast cancer is one of the key obstacles to successful treatment. Previously we have shown that low expression of ELOVL5 and IGFBP6 genes in breast cancer tissue corresponded to poor prognosis. ELOVL5 participates directly in the elongation of polyunsaturated fatty acids (PUFAs) that are considered to play an important role in cancer cell metabolism. Thus, in this work we studied the changes in lipid metabolism in breast cancer cells with reduced expression of either ELOVL5 or IGFBP6 gene.

DOI ↗ PDF ↗

Модуляторы сигнального пути Nrf2 усиливают цитотоксический эффект стандартных химиотерапевтических препаратов на органоиды метастатического колоректального рака

2023 · ARTICLE · ru

Исследована активность известных модуляторов сигнального пути Nrf2 (бардоксолон и брусатол) на ранее полученных от трёх пациентов культурах опухолевых органоидов метастатического колоректального рака. Действие модуляторов было изучено как в виде монотерапии, так и в комбинации со стандартными химиотерапевтическими препаратами, применяющимися для лечения колоректального рака. Ингибитор Nrf2 брусатол и активатор Nrf2 бардоксолон обладают противоопухолевой активностью. Более того, бардоксолон и брусатол также значительно усиливают действие химиотерапевтических препаратов 5-фторурацила, оксалиплатина и метаболита иринотекана SN-38. Таким образом, бардоксолон и брусатол можно считать перспективными кандидатами для дальнейших доклинических и клинических исследований по терапии колоректального рака.

DOI ↗

ПРОТИВООПУХОЛЕВОЕ ДЕЙСТВИЕ ИНДУКТОРОВ ФЕРРОПТОЗА НА ОРГАНОИДЫ МЕТАСТАТИЧЕСКОГО КОЛОРЕКТАЛЬНОГО РАКА

2023 · ARTICLE · ru

На сегодняшний день колоректальный рак (КРР) остается одним из наиболее распространенных онкологических заболеваний с высокими показателями смертности во всем мире. Прогресс последних десятилетий в изучении механизмов, лежащих в основе лекарственной устойчивости КРР, указывает на необходимость поиска новых терапевтических подходов. Так, известно, что опухолевые клетки, не восприимчивые к стандартной терапии и к известным механизмам запрограммированной клеточной гибели, таким как апоптоз, чувствительны к ферроптозу. В связи с этим индукция ферроптоза рассматривается в качестве альтернативной стратегии для разработки противоопухолевых лекарственных средств. На культурах органоидов метастатического КРР, ранее полученных из опухолей трех пациентов, нами изучено действие известных индукторов ферроптоза: эрастина и сорафениба, ‒ как в виде монотерапии, так и в комбинации со стандартными химиотерапевтическими препаратами для лечения КРР. Показано, что эти индукторы ферроптоза обладают противоопухолевой активностью. Кроме того, в ряде случаев эрастин и сорафениб усиливали действие стандартных химиотерапевтических препаратов на культуры органоидов метастатического КРР. Таким образом, дополнительная к стандартной терапии индукция ферроптоза в опухолевой ткани КРР может быть перспективной терапевтической опцией и заслуживает дальнейшего изучения в доклинических и клинических условиях.

DOI ↗

Assessing the Efficacy of Anti-Cancer Drugs on Organoid Models Derived from Prostate Cancer

2023 · ARTICLE · en

Доказано, что опухолевые органоиды хорошо отражают фенотипические и генетические характеристики исходного биоматериала. Сообщалось, что результаты тестирования лекарственных препаратов на органоидных культурах могут передавать клинический ответ пациентов. В данной работе из биопсийного материала рака предстательной железы (РПЖ) была получена органоидная культура, на которой были протестированы препараты доцетаксел и энзалутамид, применяющиеся в клинической практике для лечения РПЖ. Было проведено сравнение разных способов оценки эффективности препаратов in vitro. Было показано, что полуингибирующая концентрация доцетаксела была значительно ниже, чем у энзалутамида. Однако, при проведении эксперимента с клинически значимыми концентрациями и временами инкубации, энзалутамид демонстрировал более высокую эффективность, чем доцетаксел. Таким образом, для дальнейшего применения в клинической практике, важно оптимизировать условия тестирования препаратов на культурах in vitro.

DOI ↗ PDF ↗

Structure–Activity Relationships and Transcriptomic Analysis of Hypoxia-Inducible Factor Prolyl Hydroxylase Inhibitors

2022 · ARTICLE · en

To evaluate the differences in action of commercially available 2-oxoglutarate mimetics and “branched-tail” oxyquinoline inhibitors of hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase (HIF PHD), the inhibitors’ IC50 values in the activation of HIF1 ODD-luciferase reporter were selected for comparative transcriptomics. Structure–activity relationship and computer modeling for the oxyquinoline series of inhibitors led to the identification of novel inhibitors, which were an order of magnitude more active in the reporter assay than roxadustat and vadadustat. Unexpectedly, 2-methyl-substitution in the oxyquinoline core of the best HIF PHD inhibitor was found to be active in the reporter assay and almost equally effective in the pretreatment paradigm of the oxygen-glucose deprivation in vitro model. Comparative transcriptomic analysis of the signaling pathways induced by HIF PHD inhibitors showed high potency of the two novel oxyquinoline inhibitors (#4896-3249 and #5704-0720) at 2 μM concentrations matching the effect of 30 μM roxadustat and 500 μM dimethyl oxalyl glycine in inducing HIF1 and HIF2-linked pathways. The two oxyquinoline inhibitors exerted the same activation of HIF-triggered glycolytic pathways but opposite effects on signaling pathways linked to alternative substrates of HIF PHD 1 and 3, such as p53, NF-κB, and ATF4. This finding can be interpreted as the specificity of the 2-methyl-substitute variant for HIF PHD2.

DOI ↗ PDF ↗

HIF Prolyl Hydroxylase Inhibitors for COVID-19 Treatment: Pros and Cons

2021 · ARTICLE · en

The review analyzes the potential advantages and problems associated with using HIF prolyl hydroxylase inhibitors as a treatment for COVID-19. HIF prolyl hydroxylase inhibitors are known to boost endogenous erythropoietin (Epo) and activate erythropoiesis by stabilizing and activating the hypoxia inducible factor (HIF). Recombinant Epo treatment has anti-inflammatory and healing properties, and thus, very likely, will be beneficial for moderate to severe cases of COVID-19. However, HIF PHD inhibition may have a significantly broader effect, in addition to stimulating the endogenous Epo production. The analysis of HIF target genes reveals that some HIF-targets, such as furin, could play a negative role with respect to viral entry. On the other hand, HIF prolyl hydroxylase inhibitors counteract ferroptosis, the process recently implicated in vessel damage during the later stages of COVID-19. Therefore, HIF prolyl hydroxylase inhibitors may serve as a promising treatment of COVID-19 complications, but they are unlikely to aid in the prevention of the initial stages of infection.

DOI ↗ PDF ↗

Effect of the Expression of ELOVL5 and IGFBP6 Genes on the Metastatic Potential of Breast Cancer Cells

2021 · ARTICLE · en

Breast cancer (BC) is the leading cause of death from malignant neoplasms among women worldwide, and metastatic BC presents the biggest problems for treatment. Previously, it was shown that lower expression of ELOVL5 and IGFBP6 genes is associated with a higher risk of the formation of distant metastases in BC. In this work, we studied the change in phenotypical traits, as well as in the transcriptomic and proteomic profiles of BC cells as a result of the stable knockdown of ELOVL5and IGFBP6 genes. The knockdown of ELOVL5 and IGFBP6 genes was found to lead to a strong increase in the expression of the matrix metalloproteinase (MMP) MMP1. These results were in good agreement with the correlation analysis of gene expression in tumor samples from patients and were additionally confirmed by zymography. The knockdown of ELOVL5 and IGFBP6 genes was also discovered to change the expression of a group of genes involved in the formation of intercellular contacts. In particular, the expression of the CDH11 gene was markedly reduced, which also complies with the correlation analysis. The spheroid formation assay showed that intercellular adhesion decreased as a result of the knockdown of the ELOVL5 and IGFBP6 genes. Thus, the obtained data indicate that malignant breast tumors with reduced expression of the ELOVL5 and IGFBP6 genes can metastasize with a higher probability due to a more efficient invasion of tumor cells.

DOI ↗ PDF ↗

ECM–Receptor Regulatory Network and Its Prognostic Role in Colorectal Cancer

2021 · ARTICLE · en

Interactions of the extracellular matrix (ECM) and cellular receptors constitute one of the crucial pathways involved in colorectal cancer progression and metastasis. With the use of bioinformatics analysis, we comprehensively evaluated the prognostic information concentrated in the genes from this pathway. First, we constructed a ECM–receptor regulatory network by integrating the transcription factor (TF) and 5’-isomiR interaction databases with mRNA/miRNA-seq data from The Cancer Genome Atlas Colon Adenocarcinoma (TCGA-COAD). Notably, one-third of interactions mediated by 5’-isomiRs was represented by noncanonical isomiRs (isomiRs, whose 5’-end sequence did not match with the canonical miRBase version). Then, exhaustive search-based feature selection was used to fit prognostic signatures composed of nodes from the network for overall survival prediction. Two reliable prognostic signatures were identified and validated on the independent The Cancer Genome Atlas Rectum Adenocarcinoma (TCGA-READ) cohort. The first signature was made up by six genes, directly involved in ECM–receptor interaction: AGRN, DAG1, FN1, ITGA5, THBS3, and TNC (concordance index 0.61, logrank test p = 0.0164, 3-years ROC AUC = 0.68). The second hybrid signature was composed of three regulators: hsa-miR-32-5p, NR1H2, and SNAI1 (concordance index 0.64, logrank test p = 0.0229, 3-years ROC AUC = 0.71). While hsa-miR-32-5p exclusively regulated ECM-related genes (COL1A2 and ITGA5), NR1H2 and SNAI1 also targeted other pathways (adhesion, cell cycle, and cell division). Concordant distributions of the respective risk scores across four stages of colorectal cancer and adjacent normal mucosa additionally confirmed reliability of the models.

DOI ↗ PDF ↗

Гены «быстрого» отклика при действии ингибиторов HIF пролилгидроксилазы

2021 · ARTICLE · ru

ли к открытию траскрипционного фактора HIF ( фактора , индуцируемого гипоксией ) и регуляции его стабильности под действием HIF пролилгидроксилазы - железо и α - кетоглутаратзависимой диоксигеназы . Действие ингибиторов фермента имитирует действие гипоксии , но является гораздо более специфическим . Сравне - ние различных типов ингибиторов фермента с действием краткосрочной гипоксии методом транскриптомного микроанализа показывает большую эффективность действия ингибиторов и позволяет увидеть « первичные » мишени транскрипци - онного фактора HIF. Сила ингибиторов , определенная в транскрипционном ана - лизе , соответствует соотношению констант полуактивации ингибиторов в HIF1 ODD-luc репортерном анализе . Нейроадапт является в 15-20 раз более мощным ингибитором , чем роксадустат , и в то же время наиболее специфичным к мишени , по сравнению с роксадустатом и диметилоксалилглицином , которые , вероятно , действуют и на другие ферменты этой группы.

DOI ↗ PDF ↗

9-ING-41, a Small Molecule Inhibitor of GSK-3β, Potentiates the Effects of Chemotherapy on Colorectal Cancer Cells

2021 · ARTICLE · en

Colorectal cancer (CRC) is one of the most common and lethal types of cancer. Although researchers have made significant efforts to study the mechanisms underlying CRC drug resistance, our knowledge of this disease is still limited, and novel therapies are in high demand. It is urgent to find new targeted therapy considering limited chemotherapy options. KRAS mutations are the most frequent molecular alterations in CRC. However, there are no approved K-Ras targeted therapies for these tumors yet. GSK-3β is demonstrated to be a critically important kinase for the survival and proliferation of K-Ras–dependent pancreatic cancer cells. In this study, we tested combinations of standard-of-care therapy and 9-ING-41, a small molecule inhibitor of GSK-3β, in CRC cell lines and patient-derived tumor organoid models of CRC. We demonstrate that 9-ING-41 inhibits the growth of CRC cells via a distinct from chemotherapy mechanism of action. Although molecular biomarkers of 9-ING-41 efficacy are yet to be identified, the addition of 9-ING-41 to the standard-of-care drugs 5-FU and oxaliplatin could significantly enhance growth inhibition in certain CRC cells. The results of the transcriptomic analysis support our findings of cell cycle arrest and DNA repair deficiency in 9-ING-41–treated CRC cells. Notably, we find substantial similarity in the changes of the transcriptomic profile after inhibition of GSK-3β and suppression of STK33, another critically important kinase for K-Ras–dependent cells, which could be an interesting point for future research. Overall, the results of this study provide a rationale for the further investigation of GSK-3 inhibitors in combination with standard-of-care treatment of CRC.

DOI ↗ PDF ↗

Курсы (9)